Uno de sus momentos más recordados con el Real Madrid tuvo lugar en un derbi contra el Atleti en el Bernabéu en la temporada 97-98. Seedorf marcó un gol desde 40 metros que supuso el empate definitivo en aquel encuentro (antes había marcado Juninho Paulista). El Real Madrid pagó por sus servicios 600 millones de las antiguas pesetas y lo vendió al Inter por 4.000 millones. Además, camiseta atletico de madrid 2023 Santiago Bernabéu fue nombrado socio de honor y se le impuso la insignia de oro y brillantes del club.
