Una vez finalizada la Copa Libertadores 2017 el plantel sufrió una fuerte depuración, perdiendo a varios de los nombres que formaron parte del ciclo anterior y desembocando en una mala campaña en la Superliga 2017-18, finalizando en el puesto número 21° y, por primera vez en 13 años, quedándose sin disputar competencias internacionales durante el año siguiente. En la siguiente temporada ,finaliza en la octava posición, asegurándose un lugar en la Copa Sudamericana 2018. Luego de consagrarse como el segundo mejor equipo del continente a fines de 2017, Jorge Almirón deja de ser el director técnico.
