En 2013 también logró los títulos de la Categoría Primera A del fútbol Colombiano tanto en el Apertura como en el Finalización, venciendo a sus similares de Santa Fe y Deportivo Cali respectivamente, en el Apertura 2014 venció al Junior de Barranquilla, obteniendo su sexto título al mando del club en menos de tres años. Posteriormente en la Copa Libertadores, el club quedó eliminado en octavos de final por Atlético Tucumán, lo que provocó la renuncia de Almirón dos días después del partido.
