Para la temporada 2006 llegó Néstor Otero a ocupar el cargo de director técnico, con el primer objetivo de salvar al Atlético Huila del descenso. Atlético Huila logra clasificar por primera vez a los cuadrangulares semifinales de la Primera A al ocupar el sexto lugar con 26 puntos. Grupo B, al Atlético Nacional, Deportes Tolima y Santa Fe. Destacan en la historia del club los jugadores que más años estuvieron bajo disciplina del club, el extremeño Adelardo Rodríguez, el andaluz Enrique Collar y el madrileño Carlos Aguilera con un total de diecisiete, atletico de madrid camiseta dieciséis y quince temporadas respectivamente en el primer equipo y Adelardo fue además el jugador que más títulos oficiales logró como jugador del club con un total de diez.
