También goza de raigambre el fútbol sala, siendo la región hogar del Inter FS (que ha jugado en Madrid, Alcobendas, Alcalá de Henares y actualmente en Torrejón de Ardoz), el club más laureado del mundo en este deporte, y del Futsi Atlético de Madrid Navalcarnero, varias veces campeón de Europa en la modalidad femenina. Además, el Atlético de Madrid cuenta, a través de la Fundación Atlético de Madrid, con escuelas de fútbol base sitas geográficamente de forma estratégica, la mayoría, en la Comunidad de Madrid.